孢子叶聚集成球果状（strobiliform），称孢子叶球（strobilus）。孢子叶球单性，同株或异。

小孢子叶（雄蕊，microsporophyll/stamen）聚生成小孢子叶球（雄球花，male cone / staminate strobilus），每个小孢子叶下面生有小孢子囊（花粉囊，pollen sac），囊内贮满小孢子（花粉粒，pollen grain ）。

大孢子叶（心皮，carpel）聚生成大孢子叶球（雌球花，female cone），胚珠裸露，不为大孢子叶所形成的心皮所包被，而被子植物的胚珠则被心皮所包被，这是两类植物的重要区别。大孢子叶常变态为名称各异的部分，如羽状大孢子叶（铁树）、珠领（银杏）、珠鳞（松柏类）、套被（罗汉松）和珠托（红豆杉）等。

裸子植物的珠孔能分泌液体，形成传粉滴，借风力传播的花粉接触传粉滴时，即被黏附，随着传粉滴的逐渐干涸，花粉经珠孔进入胚珠。进入胚珠的花粉先在珠心上方的贮粉室里停留一定的时间后才萌发，形成花粉管伸入胚囊，精子逸出与卵细胞受精。而在被子植物中花粉先到柱头后萌发，形成花粉管，然后到达胚珠。

大多数裸子植物都具有多胚现象（polyembryony ）。由1个雌配子体上多个颈卵器的卵细胞同时受精形成多胚，称 简单多胚现象（simple polyembryony）；由1个受精卵在发育过程中，胚原组织分裂成几个胚，称裂生多胚现象（cleavage polyembryony ）。

胚珠发育成种子（2n），珠被发育成种皮。种子是携带营养的幼小孢子体。它能以不定期休眠的方式度过不良的环境，待时机合适再萌芽继续生长，种子内的营养（胚乳）保证了幼苗早期生长的需要。