如果磷肥施用过量，会使作物从土壤中吸收过多的磷素营养，如果磷元素过多的话，会促使作物的呼吸作用增强，这样会消耗糖分和能量。而且过量使用磷酸钙以后，会使土壤里的锌发生反应，产生磷酸锌沉积。这样会影响作物的吸收导致作物缺锌。

而且过量的使用钙镁磷等碱性化肥，会导致土壤碱化，使锌的有效性降低，影响作物对锌的吸收。

研究表明，如果磷肥施用过量的话，会造成土壤中的硅被固定不能吸收，这样同样也会引起作物缺硅，像禾本科作物如果缺硅的话，影响是很大的。

如果是适量的施用磷肥，会促进钼的吸收，但是过量施用，也会影响作物对钼的吸收。

要根据土壤的情况在确定供磷的量。在旱地轮作的时候，由于冬季秋季温度低，土壤的磷素释放少，而夏季的温度高，土壤的磷素释放的多，所有应该把重点放在秋播作物上。像小麦玉米轮作的时候，磷肥可以做小麦的基肥，在豆科与粮食作物轮作的时候，磷肥重施与豆科作物上，促进固氮。

磷肥施入土壤之后容易被固定，而且磷肥的移动性差，这些都是会导致利用率降低的原因，为了提高肥效，可以穴施，水田可以用蘸根等几种施用的方法，同时注意上下分层。