水稻是重要粮食作物，其基因组组装对水稻育种有重要意义。自2005年水稻品种“日本晴”基因组草图发布以来，水稻研究正式跨入基因组学时代。此后，“日本晴”参考基因组在2013年进一步更新，大幅改善了基因组组装结果和基因注释，成为水稻的标准参考基因组并一直沿用至今。然而，由于当时测序和组装技术限制，该基因组对复杂结构区域的组装存在不足，仍有多个缺口未能解决，占全长3%左右，这些缺口阻碍了水稻育种的研究进程。

为此，研究团队以水稻“日本晴”为材料，综合利用新一代测序技术，完成了“日本晴”参考基因组的完整组装，其大小为385.7Mb，每条染色体的端粒到端粒均由一条完整连续的序列组成，碱基精确度超过99.9999%，最新的组装新增了12.5Mb的基因组序列，主要解锁了水稻基因组中结构最为复杂的核糖体DNA序列、着丝粒区域、复杂转座子序列和端粒区域等，并修正了多个由于缺口导致的基因结构错误，新增了1324个蛋白编码基因注释。该研究为水稻育种研究奠定了重要理论基础。

该研究得到国家自然科学基金、广东省自然科学杰出青年基金、中国农科院青年创新专项和海南省院士创新平台科研项目资金资助。